千代美与小南是青梅竹马的邻居，但是长大后的两个人却形同陌路。千代美梦想成为一名舞者，她一边辛苦训练，一边在网上写着自己的连载小说。
同班同学高木陆暗恋千代美，并大胆向她表白。然而千代美心中一直对小南的漠视耿耿于怀。
小南与班上的美女同学野村关系很近，千代美多次试探并没有什么结果……
千代美一时冲动，打算去东京参加舞蹈比赛，因此与父母发生了口角离家出门……
小南的迷你情人第2集剧情介绍千代美宿夜未归，家里人非常担心。小南听妈妈笑子说千代美不见了之后便出去寻找，终于在公园的隧道里找到了身材变小不知所措的千代美。
小南暂时把千代美安置在自己房间然后去学校。学校里千代美失踪的事也流传了开来，高木和亚美都非常担心她。
小南因为担心千代美而假装生病早退回家，并告诉千代美由于她的失踪，在学校也引起了轩然大波。
小南的迷你情人剧照
千代美担心被大家误以为自己遇上什么不测，请求小南去公园把自己落在那的衣服鞋子还有手机给取回来。
回家之后，小南要求千代美回她自己的家，千代美却不愿意。最后小南只能妥协，要求千代美至少打电话回家报平安。
放学后，高木和亚美赶到了千代美家，高木被巡警当做凶手，正引起骚乱的时候大家接到了千代美打来的电话。
千代美骗父母说现在在东京，因为要参加海选所以暂时回不了家。
虽然千代美的父母很生气，但千代美平安无事，终于松了一口气。
小南的迷你情人第3集剧情介绍3天过去了，千代美的身体没有恢复的征兆。小南突然想起来，小时候奶奶说过“一寸公主”是在满月的晚上，用从鬼怪手里抢来的“万宝槌”敲打才变回正常的。
传说中的万宝槌被供奉在高须神社的藏宝殿，两个人决定用“万宝槌”来恢复千代美的身体。
千代美和小南偷偷潜入高须神社，在藏宝殿找到了传说中的“万宝槌”。
两人挥舞起槌子后被一片奇妙的光包围了起来，千代美高兴的觉得“我可以变回去了!”，片刻之后她还是原来的样子待在小南的口袋里。
小南发现这和千代美变小的那天的天气一模一样，觉得去做和那天晚上一样的事的话说千代美不定就能变回去。
两人一起在公园的隧道里过了一夜，但是还是什么都没有发生。
在隧道里待了一夜的小南发烧了，这天正好小南的奶奶和妈妈都不在，千代美很努力的想照顾小南，但是什么都做不了。
这时候野村来了。野村照顾小南，躲在壁橱里偷偷看着这一切的千代美非常伤心。
小南的迷你情人第4集剧情介绍暑假到了，小南的爸爸(西村雅彦饰)想带全家人去旅游，但小南(二宫和也饰)因为千代美(深田恭子饰)想尽法子拒绝，而日下部老师(田边诚一饰)也要小南去参加集训，小南也顺利拒绝了。
小南和千代美两人终于可以在家里独处，却一会儿爸爸回来拿钓竿，一会儿野村(宫地真绪饰)来打探小南是否藏匿千代美，一会儿日下部老师也来劝说他参加集训，结果日下部老师弄掉了车票夹，里面竟然有千代美妈妈的照片。
翌日是千代美妈妈的忌日，千代美的外公(北村总一朗饰)和日下部老师都去扫墓，千代美才发现日下部老师深爱着妈妈。
小南决定在千代美妈妈的忌日这天帮千代美的外公照顾寿司店，不料担心小南的爸爸却草草结束旅行赶回来，看见没有念书却在寿司店帮忙的小南，南爸爸怒不可遏的打了小南……
小南的迷你情人第5集剧情介绍眼看千代美(深田恭子饰)最喜欢的夏季庙会就要到了，千代美因为不忍心见外公(北村总一朗饰)伤心，在电话中脱口说出将在庙会当天回去，让外公和日下部老师(田边诚一饰)都非常期待。
小南(二宫和也饰)和千代美把希望全寄托在中华料理店的老人的身上，岂知老人的店正好歇业3天，人已不知去向。为了达成对外公所做的承诺，千代美和小南想出以录制录影带讯息安慰外公的方法。
小南去向大原(石井智也饰)借录影机，意外发现大原也很喜欢千代美，但是大原声称自己支持小南和千代美在一起。好不容易录了录影带，外公却说不想看录影带，不知所措的两人又想到播放同步视讯，让千代美与外公当面说话。
亲眼看到千代美平安无事的外公开心的喝酒庆祝，却引发心脏病发作，偏偏小南这时正好被野村(宫地真绪饰)叫出去，不在外公身边……
小南的迷你情人第6集剧情介绍千代美(深田恭子饰)的外公(北村总一朗饰)心脏病发作，幸好日下部老师(田边诚一饰)正好到来救了外公一命，这件事让千代美更希望赶快恢复原状。
野村(宫地真绪饰)对小南(二宫和也饰)说自己可能怀孕，要小南帮她买验孕剂，碰巧被小南的妹妹小樱(安倍麻美饰)看到，回家告诉爸爸(西村雅彦饰)之后掀起轩然大波，幸好野村及时出现说明，才化解一场天大的误会。后来小南带着千代美去找中华料理店的老人，岂知老人看见千代美就吓昏了。
千代美开始觉得自己应该自力更生，不该再牵累小南。第二天小南和千代美又去找老人，老人这次要千代美再抽一次签，却还是抽到意指无法恢复原状的签诗。
千代美于是决定和小南到江之岛最后一次约会，小南还请人做了一个迷你项链送给千代美。回到家后，野村又找小南出去，千代美要小南去赴约，自己则是留下一封信悄悄离去……
小南的迷你情人第7集剧情介绍千代美(深田恭子饰)觉得自己只会给小南(二宫和也饰)带来麻烦，所以决定离开小南，而心急的小南遍寻不着她，非常担心。
日下部老师(田边诚一饰)希望小南参加大学的推甄选考会，但小南心里挂念着担心千代美，无意参加。小南想到千代美可能会去找中华料理店的老人，于是去中华料理店打听，但老人却矢口否认。
确实投靠老人的千代美，为了回报老人的收留，用书法替店里写了菜单。后来不死心的小南又来到店里，发现千代美写的毛笔字后大为放心，也决定接受推甄，希望千代美能来看他跑步。但是千代美还是决定离开，只请老人帮她带话给小南。
选考会中的小南虽然受到老师的青睐，但得知千代美又离开后，决定辞退推甄，立刻去寻找千代美。
小南在中华料理店的后门找到仍无法离去的千代美，喜极而泣，老人也非常感动，鼓励他们一定会有奇迹出现。
小南答应千代美让她看看自己跑步的模样，于是在学校的操场练习，大原(石井智也饰)刚好看见练习中的小南，想帮小南录下跑步的姿势，却不小心录到了超迷你的千代美……
小南的迷你情人第8集剧情介绍野村(宫地真绪饰)听到小南(二宫和也饰)说从不曾忘记过千代美(深田恭子饰)之后，深受打击，心不在焉地过马路时竟然发生车祸。
千代美同情野村没有亲人在身边，要求小南带野村回家照顾，野村也趁机住进小南的家。但是野村却不断刺探小南，而小南的妈妈也发现野村假装骨折，同时也怀疑千代美的事，于是藉着拍全家福，终于让千代美露出马脚。
看着野村和小南全家人和乐融融吃的晚餐而不禁感到寂寞地千代美，用小南的手机打电话给外公(北村总一朗饰)，这件事后来也被野村发现，于是野村逼问小南究竟把千代美藏在哪里，甚至抱住小南逼千代美现身，没想到已经忍无可忍的千代美真的现身，迷你的模样果然吓坏了野村……
小南的迷你情人第9集剧情介绍野村(宫地真绪饰)得知千代美(深田恭子饰)变小，而且一直由小南(二宫和也饰)在照顾着，心里很不是滋味。
小南的妈妈(名取裕子饰)生日将到，大家都为南妈妈准备礼物，千代美也努力织了一条以前想送给自己妈妈的围巾送给南妈妈，但因为太小了，只能当书签。
因为先前野村告诉日下部老师(田边诚一饰)说小南把千代美藏在家里，日下部老师心生怀疑，决定找小南问清楚，结果看到千代美织的书签之后，更加深了怀疑，于是在追问小南的同时，按捺不住焦急的情绪下打了小南……
小南的迷你情人第10集剧情介绍日下部老师(田边诚一饰)追问小南(二宫和也饰)为何要将千代美(深田恭子饰)藏起来时，按捺不住激动情绪的打了小南，幸好商店街的人及时制止。
翌日，日下部前来道歉，并向小南说出自己激动的原因，因为千代美的外公(北村总一朗饰)若是再次心脏病发作可能就没救了，因此才会急于知道千代美的下落。
听到这件事的千代美，立刻决定回家跟外公说明原委。就在等待千代美回来的时候，外公心肌梗塞发作，却强忍疼痛的不让日下部知道，悄悄的自行到医院就医，碰巧看见此幕的小南和千代美于是紧跟在后一起到了医院。
等外公醒来时，千代美终于与外公见了面，外公虽对千代美身体变小一事感到惊讶，但是欣然答应让千代美与小南交往，两人于是决定到传说中的月下之泉去许愿，希望千代美变回原来的模样……
小南的迷你情人第11集剧情介绍(大结局)小南(二宫和也饰)和千代美(深田恭子饰)决定一起到传说中的月下之泉去许愿，希望让千代美变回原来的模样。
没想到两人出发后，千代美的外公(北村总一朗饰)突然心脏病发，日下部老师(田边诚一饰)急于联络两人，却始终联络不上。
就在两人正准备许愿时，终于接到日下部老师的电话，于是两人决定放弃许愿，转而祈求外公病情好转……
