元末明初，中原大地历经连年战乱，人口稀少，黄、淮、运三河多次泛滥，山东、河南、河北、江苏、安徽等省沦为一片泽国，土地荒芜，渺无人烟，刚刚崛起的明帝国面临有地无粮、治水无人的困难局面，与此同时，因地理优势而躲过历次战争的山西经济发达，人多地少，洪武八年，明太祖朱元璋决定从山西向各地移民。由此，奠定了现代中国人口分布的山西洪洞大槐树百万大移民拉开序幕。
成国公马荣、钦差大臣苏佩文奉命奔赴山西督办移民，却遭到难离故土的山西百姓奋力反抗。恼怒之下，马荣大开杀戒，强制移民，百姓骨肉分离，家破人亡。钦差大臣苏佩文借机大肆索贿，压榨民膏，山西全省民怨沸腾。目睹此景，已任侍读学士的状元林屹忧心如焚，决心为民请命，面见马荣，痛诉其草菅人命，马荣恼羞成怒，将林屹绑赴刑场问斩。十万移民一片哗然，民变一触即发，千钧时刻……
大槐树分集介绍 第二集为完成朝廷移民三十万的旨意，马荣采取愚民政策，欺骗百姓到大槐树下集结，强行围捕百姓。致使百姓怨声载道，官府声誉全无，朝廷民心尽失。林屹上书弹劾马荣，力陈移民弊端，要求杀马荣已挽回民心。朱元璋震怒，将林屹驱逐出宫，并生杀林之心。林屹上书的事引起马荣之女马媛注意。马媛深夜召见林屹，本想处置林屹，却被林屹才华所迷，萌生爱意……
林屹胞兄监察御史林峰查获钦差苏佩文贪赃证据，准备上奏朝廷，却突然神秘被杀。朱元璋龙颜大怒，派林屹彻查此案，林屹临危受命，单身奔赴山西，一时间，朝堂内风云涌动，各派官僚蠢蠢欲动。
大槐树分集介绍 第三集林屹奉旨查案的消息传入山西，钦差苏佩文等大为震惊，为掩盖罪行，苏佩文等胁迫林峰仆人刘德诬陷他人，将杀害林峰一事嫁祸移民王承祖兄弟二人。于是苏佩文通缉抓捕兄弟二人。
林屹进入山西，一路查访，深感大哥被杀一案疑点重重，若想查明此案，只有找到兄弟二人。此时传来王念祖在平阳府牢狱中上吊自杀，王成祖逃脱的消息。林屹决定查验王念祖尸体，在停尸房巧遇王成祖。正要询问时官府朱推官巡查来此，王成祖再次逃离。林屹巧言骗走朱推官，查出王念祖系中毒身亡，而后才被悬于梁上，案情扑朔迷离，林屹隐觉大哥被杀一案并不简单。
公主马媛为免林屹与父亲马荣冲突，尾随林屹进入山西，在驿站中马媛发现林峰的贴身仆人刘德，刘德是林峰被害时唯一的目击者，正被苏佩文等人追捕，刘德为求自保四处寻找林屹。马媛正要审问刘德，得知消息的平阳知府率人来捉拿刘德，为保护刘德，，马媛被迫表明身份，马媛的到来令苏佩文等被感震惊，新的阴谋又在形成。
大槐树分集介绍 第四集马媛从刘德口中得知林峰被害时情形，深感此案蹊跷，命人通知林屹，而当林屹赶到时却发现刘德逃走，林屹认为因他弹劾马荣一事马媛有意刁难他，对马媛产生误解，马媛深感委屈。林屹通过家族力量找到藏在姐姐家的刘德，刘德告诉林屹是平阳知府让其诬陷王承祖兄弟一事，林屹大吃一惊。
深夜，王成祖跟踪林屹来到客栈，向林屹诉说冤情。平阳知府派人赶到客栈，将林屹和王成祖一并抓走。为杀人灭口，苏佩文与平阳知府曾克收买死囚，要将林屹杀死狱中，被及时赶到的朱推官阻止。马媛得知消息，大为震惊，向马荣求救。朱推官得知林屹身份，决定救其出狱。得知消息苏佩文带人赶到，正与走出牢房的林屹相遇，苏佩文孤注一掷，拒不承认林屹是钦差，下令捕杀，危急时刻，马荣率军队赶到，救出林屹，林屹与马媛冰释前嫌。
大槐树分集介绍 第五集排除了王成祖兄弟杀林峰的嫌疑，唯一的线索就是目击证人刘德了，林屹连夜派人找刘德，进一步了解案情，曾克与苏佩文也深知刘德的重要性，在林总管带刘德回来的路上劫走刘德，并杀人灭口，使案情进入绝境，曾克得意非凡，认为自此可高枕无忧，不想林屹出奇招，夜捕曾克师爷，从师爷口中得知曾克等移民官员在移民中大肆贪贿，证据为林峰所得，林峰是在收集证据时突然被害的，林屹由此怀疑，林峰之死与曾克等移民官员有关。
马媛担心父亲马荣与曾克的沆瀣一气，参与了杀害林峰一事，经过一番调查，证明马荣是清白的，并未与曾克等勾结贪贿，马媛甚是欣慰，林屹也改变了对马荣的看法。
根据师爷的供述，林屹、马媛得知曾克养有外室，其小妾常氏的两位哥哥是习武之人，并突然暴富，十分可疑。林屹、马媛怀疑二人就是杀害林峰的凶手，林屹请朱推官以私人身份引见二人，展开秘查。
